<p>UNRESTRICTED  /  ILLIMITÉE</p><html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph
        {mso-style-priority:34;
        margin-top:0cm;
        margin-right:0cm;
        margin-bottom:0cm;
        margin-left:36.0pt;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
/* List Definitions */
@list l0
        {mso-list-id:1188300077;
        mso-list-type:hybrid;
        mso-list-template-ids:-304599602 269025295 269025305 269025307 269025295 269025305 269025307 269025295 269025305 269025307;}
@list l0:level1
        {mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
ol
        {margin-bottom:0cm;}
ul
        {margin-bottom:0cm;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-CA link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal>Dear nMoldyn users,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>I have two questions:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoListParagraph style='text-indent:-18.0pt;mso-list:l0 level1 lfo1'><![if !supportLists]><span style='mso-list:Ignore'>1.<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'>       </span></span><![endif]>I would like to use nMoldyn to analyse trajectories output by GROMACS. I have converted the GROMACS trajectory output to .dcd format using Wordom, and have tried using the NAMD and CHARMM conversion options in nMoldyn to convert to the appropriate MMTK format. The conversions claim to be successful, but when I load the generated .nc file it seems that the periodic boundary conditions of my system have been lost (nMoldyn recognises an infinite universe). Further analysis operations with nMoldyn don’t work properly either. I am not sure whether the problem is occurring in the Wordom conversion or in the nMoldyn conversion step (although I am guessing that the Wordom-generated .dcd file is not in the right format for either nMOLDYN conversion option). <br><br>Does anyone have experience using nMOLDYN with GROMACS? If so, could you please let me know how you converted the relevant files to MMTK format?<br><br><o:p></o:p></p><p class=MsoListParagraph style='text-indent:-18.0pt;mso-list:l0 level1 lfo1'><![if !supportLists]><span style='mso-list:Ignore'>2.<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'>       </span></span><![endif]>The documentation on the dynamic structure factors (coherent and incoherent, DCSF and DISF) in the nMoldyn User’s Guide suggests that the output should have units. However, when I use ncdump on the generated .nc  file, the Sqw ouput is listed as unitless. Could someone confirm exactly what form (and units) of the dynamic structure factors are being output by the DCSF and DISF functions in nMoldyn?<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Thanks very much, <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Katy<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></body></html>