<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><br><div><br><div>Dear MMTK community,<br><div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div>I would like to read-in a PDB containing both protein and nucleic acids. </div><div>I managed to change the names of atoms in nucleotides so the MMTK reads them fine, but encountered some problems in protein chains reading.</div><div><br></div><div>The MMTK seems to expect that for all nitrogen atoms there will be at least one hydrogen in the structure:</div><div><br></div><div>IOError: Atom HN1 of PDB residue PRO not found in residue Pro of object .Pro2</div><div><br></div><div>When in fact this is a structure I have:</div><div><img apple-inline="yes" id="2BBC94B8-22BA-442D-80D9-2617A0BF4450" height="442" width="460" apple-width="yes" apple-height="yes" src="cid:C5ECC1E4-640C-4A8A-A1B7-844F5B637768@ctxgateway.nodomain"></div><div><br></div><div>Best Regards,</div><div>Anna Gorska</div></div></div></div></div><br></body></html>