<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Dear MMTK community,<div>I would like to read-in a PDB containing both protein and nucleic acids. </div><div>I managed to change the names of atoms in nucleotides so the MMTK reads them fine, but encountered some problems in protein chains reading.</div><div><br></div><div>The MMTK seems to expect that for all nitrogen atoms there will be at least one hydrogen in the structure:</div><div><br></div><div>IOError: Atom HN1 of PDB residue PRO not found in residue Pro of object .Pro2</div><div><br></div><div>When in fact this is a structure I have:</div><div><img apple-inline="yes" id="27F85A2B-0DC9-4D9C-9A2A-066C55991A56" height="979" width="993" apple-width="yes" apple-height="yes" src="cid:D9622770-047A-4F8C-A3F1-789D6B27291E@ctxgateway.nodomain"></div><div><br></div><div>Best Regards,</div><div>Anna Gorska</div></body></html>