<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Dear all,<div>is there any way to analyse the full atom (meaning with the hydrogens) PDB file and the dcd trajectory?</div><div>It works only if I let MMTK guess positions of my hydrogens, but when I try to read it full this is the error I get:</div><div><br></div><div><font face="Courier New">IOError: Atom H5' of PDB residue RG not found in residue RG5 of object C.RG5_1</font></div><div><br></div><div>As if the Charmm naming scheme is storage to MMTK or it was lacking the data for 3/5 ters of RNA,</div><div><br></div><div>Do you have any idea ?</div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Anna Gorska</div></body></html>