<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Dear Salomon,<br>
    <br>
    We're looking to calculate some structure factors. I know the the
    dynsf code can read LAMMPS files directly, but we're working with a
    group that has a lot of experience already with nMOLDYN. In fact,
    nMOLDYN includes a LAMMPS to MMTK converter, but we're having some
    trouble making it work. I'll inspect the source and see how they go
    about it.<br>
    <br>
    Being able to look at a converted DLPOLY file could be extremely
    useful, if you don't mind.<br>
    <br>
    Thanks,<br>
    Niall<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 09/07/14 17:12, Salomon Turgman
      Cohen wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CA+yQROomJwiKf4=RDSKUWBS61-j7h19aRoh9nHBQ9GSZq53Vfg@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div dir="ltr">
        <div>
          <div>
            <div>Hey Niall,<br>
              <br>
            </div>
            Just out of curiosity, what particular functionality of
            nMOLDYN are you looking to use? I was following the same
            approach you will be pursuing with DLPOLY trajectories
            (nMOLDYN comes with a converter), but it is a very painful
            process for very large trajectories.<br>
            <br>
          </div>
          In case you are not aware, you can look at the exact structure
          of a MMTK trajectory from the linux command line with the
          ncdump tool:<br>
          <br>
          <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/workshops/2011/utilities/Ncdump.html">http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/workshops/2011/utilities/Ncdump.html</a><br>
          <br>
        </div>
        <div>I also have some of the trajectory files of multi-atom
          molecule system in mmtk format that I converted from DLPOLY,
          if you want to see the final result of the conversion. I would
          have to generate one with a smaller size for an example.<br>
          <br>
        </div>
        <div>Salomon<br>
        </div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On Wed, Jul 9, 2014 at 12:02 PM, Niall
          Jackson <span dir="ltr"><<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:n.jackson12@imperial.ac.uk" target="_blank">n.jackson12@imperial.ac.uk</a>></span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear
            Konrad,<br>
            <br>
            Thank you for your reply. I suspected that this might be the
            case - I'll have a look into writing a Python script to
            interpret LAMMPS output files and feed them into MMTK.<br>
            <br>
            Cheers,<br>
            Niall
            <div class="im HOEnZb"><br>
              On 09/07/14 17:01, Konrad Hinsen wrote:<br>
              <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
                .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
                Niall Jackson writes:<br>
                <br>
                  > We are trying to use nMOLDYN with LAMMPS
                trajectories. Ideally, we would<br>
                  > like to produce a new LAMMPS dump style that
                generates MMTK style dump<br>
                  > files directly. Is there a document or manual
                section which outlines the<br>
                  > structure of the MMTK style NetCDF file?<br>
                <br>
                Unfortunately not, and for a reason: it is probably very
                difficult to<br>
                generate such netCDF files without using MMTK.<br>
                <br>
                Most of the contents of a trajectory file are plain
                netCDF arrays that<br>
                hardly require much documentation. But there is also the
                variable<br>
                "description", which contains a string that defines the
                complete<br>
                universe for which the simulation was run. That string
                is a Python<br>
                expression that gets evaluated in the right context to
                reconstruct the<br>
                system. This is a nice trick, and quite efficient, but
                not at all<br>
                portable. At the very least, you need Python and a class
                hierarchy<br>
                with a similar structure to MMTK's.<br>
                <br>
                For this reason, all trajectory converters to or from
                MMTK's format<br>
                that I know of are written in Python and use MMTK.<br>
                <br>
                My long-term plan is to transition to a new format that
                is fully<br>
                documented, more flexible, and has better performance:<br>
                <br>
                   <a moz-do-not-send="true"
href="https://mosaic-data-model.github.io/mosaic-specification/h5md_mosaic_module.html"
                  target="_blank">https://mosaic-data-model.github.io/mosaic-specification/h5md_mosaic_module.html</a><br>
                <br>
                It won't happen rapidly though, because it is very
                difficult to get<br>
                funding for such work.<br>
                <br>
                Konrad.<br>
              </blockquote>
              <br>
              <br>
            </div>
            <div class="HOEnZb">
              <div class="h5">
                _______________________________________________<br>
                mmtk maillist  -  <a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:mmtk@starship.python.net" target="_blank">mmtk@starship.python.net</a><br>
                <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk"
                  target="_blank">http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk</a><br>
              </div>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
        <br clear="all">
        <br>
        -- <br>
        <div dir="ltr">Salomon Turgman Cohen<br>
          Assistant Professor<br>
          Chemical Engineering<br>
          Kettering University<br>
          (919) 341-9650</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>