<div dir="ltr"><div><div><div>Hey Niall,<br><br></div>Just out of curiosity, what particular functionality of nMOLDYN are you looking to use? I was following the same approach you will be pursuing with DLPOLY trajectories (nMOLDYN comes with a converter), but it is a very painful process for very large trajectories.<br>
<br></div>In case you are not aware, you can look at the exact structure of a MMTK trajectory from the linux command line with the ncdump tool:<br><br><a href="http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/workshops/2011/utilities/Ncdump.html">http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/workshops/2011/utilities/Ncdump.html</a><br>
<br></div><div>I also have some of the trajectory files of multi-atom molecule system in mmtk format that I converted from DLPOLY, if you want to see the final result of the conversion. I would have to generate one with a smaller size for an example.<br>
<br></div><div>Salomon<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 9, 2014 at 12:02 PM, Niall Jackson <span dir="ltr"><<a href="mailto:n.jackson12@imperial.ac.uk" target="_blank">n.jackson12@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Konrad,<br>
<br>
Thank you for your reply. I suspected that this might be the case - I'll have a look into writing a Python script to interpret LAMMPS output files and feed them into MMTK.<br>
<br>
Cheers,<br>
Niall<div class="im HOEnZb"><br>
On 09/07/14 17:01, Konrad Hinsen wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Niall Jackson writes:<br>
<br>
  > We are trying to use nMOLDYN with LAMMPS trajectories. Ideally, we would<br>
  > like to produce a new LAMMPS dump style that generates MMTK style dump<br>
  > files directly. Is there a document or manual section which outlines the<br>
  > structure of the MMTK style NetCDF file?<br>
<br>
Unfortunately not, and for a reason: it is probably very difficult to<br>
generate such netCDF files without using MMTK.<br>
<br>
Most of the contents of a trajectory file are plain netCDF arrays that<br>
hardly require much documentation. But there is also the variable<br>
"description", which contains a string that defines the complete<br>
universe for which the simulation was run. That string is a Python<br>
expression that gets evaluated in the right context to reconstruct the<br>
system. This is a nice trick, and quite efficient, but not at all<br>
portable. At the very least, you need Python and a class hierarchy<br>
with a similar structure to MMTK's.<br>
<br>
For this reason, all trajectory converters to or from MMTK's format<br>
that I know of are written in Python and use MMTK.<br>
<br>
My long-term plan is to transition to a new format that is fully<br>
documented, more flexible, and has better performance:<br>
<br>
   <a href="https://mosaic-data-model.github.io/mosaic-specification/h5md_mosaic_module.html" target="_blank">https://mosaic-data-model.<u></u>github.io/mosaic-<u></u>specification/h5md_mosaic_<u></u>module.html</a><br>
<br>
It won't happen rapidly though, because it is very difficult to get<br>
funding for such work.<br>
<br>
Konrad.<br>
</blockquote>
<br>
<br></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">
______________________________<u></u>_________________<br>
mmtk maillist  -  <a href="mailto:mmtk@starship.python.net" target="_blank">mmtk@starship.python.net</a><br>
<a href="http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk" target="_blank">http://starship.python.net/<u></u>mailman/listinfo/mmtk</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr">Salomon Turgman Cohen<br>Assistant Professor<br>Chemical Engineering<br>Kettering University<br>(919) 341-9650</div>
</div>