<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 16, 2013 at 8:23 AM, Konrad Hinsen <span dir="ltr"><<a href="mailto:research@khinsen.fastmail.net" target="_blank">research@khinsen.fastmail.net</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Lars Skjærven writes:<br>
<br>
 > I have quick question related to building the Hessian matrix using the calpha- and<br>
 > anisotropic network force fields. The question is whether the distance vectors (for<br>
 > pairs of c-alphas) are normalized prior to the calculation of the second derivatives.<br>
<br>
</div>Normalized in the sense of scaling to length one? Why should that be done?<br></blockquote><div><br></div><div>Sorry for the vague formulation. I definitively don't want to normalize the vectors so that k(r=1). I was referring to the positional internal parts of the second derivatives. To illustrate, take a 3x3 super-element of H (for atoms i and j) H_ij. Then the elements of the first row of H_ij is calculated as k(r) * (v_x * v_x , v_x * v_y, v_x*v_z), where the vector v is the difference vector between atom i and j: (x_j-x_i , y_j-y_i, z_j-z_i). The questions was whether it is customary to normalize the vector v (but not for use in k(r)!).<br>
</div><br></div><div class="gmail_quote">I think we figured out that it should be normalized, and my error was related to the ANM function:<br></div><div class="gmail_quote"></div><div class="gmail_quote">function k(r):<br>
  if r>15: return 0<br></div><div class="gmail_quote">  else: return (1 / r^2)<br><br></div><div class="gmail_quote">which should be on the form:<br></div><div class="gmail_quote"><div class="gmail_quote">function k(r):<br>
  if r>15: return 0<br></div><div class="gmail_quote">  else: return 1<br></div><div class="gmail_quote"><br>(when the vector v is normalized!) <br><br></div><div class="gmail_quote">If the difference vectors are not normalized the decay of the CalphaFF should be r^-8 instead of r^-6 ? Like this:<br>
function k(r):<br>  a = 1e-1; b = 1; c = 1e6;<br>  if r<4.0: return ((a*8.6*(10^5)*r) - (b*2.39*(10^5)))/(r^2) )<br></div><div class="gmail_quote">  else: return( c*128 * r^(-8) ) )<br></div></div><div class="gmail_quote">
<br></div><div class="gmail_quote">Correct?<br></div><div class="gmail_quote"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div><br>
 > It seems to me that to reproduce the ANM-modes, the vectors should<br>
 > not be normalized, in contrast to the calpha-ff. This seems<br>
<br>
</div>The only difference between CalphaFF and ANM is how the force<br>
constants are assigned to the pairs. For ANM, it's a step function of<br>
distance, for CalphaFF, a 1/r^6 decay plus a special treatment for<br>
neighbors along the peptide chain.<br>
<br>
A few days ago I posted a way to create ENMs by hand in Python<br>
code. You can play with this to verify that there is no difference<br>
between CalphaFF and ANM other than the assignment of force constants.<br></blockquote><div><br></div><div>Thanks! I've also made good use of "universe.energyAndForceConstants()" to validate my Hessian as you noted in an earlier post. <br>
</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
Konrad.<br>
--<br>
---------------------------------------------------------------------<br>
Konrad Hinsen<br>
Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>
Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>
Saint Aubin - BP 48<br>
91192 Gif sur Yvette Cedex, France<br>
Tel. <a href="tel:%2B33-1%2069%2035%2097%2015" value="+33169359715" target="_blank">+33-1 69 35 97 15</a><br>
E-Mail: research AT khinsen DOT fastmail DOT net<br>
<a href="http://dirac.cnrs-orleans.fr/~hinsen/" target="_blank">http://dirac.cnrs-orleans.fr/~hinsen/</a><br>
ORCID: <a href="http://orcid.org/0000-0003-0330-9428" target="_blank">http://orcid.org/0000-0003-0330-9428</a><br>
Twitter: @khinsen<br>
---------------------------------------------------------------------<br>
</blockquote></div><br></div></div>