<div dir="ltr"><div class="im" style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"><div>Dear MMTK users, </div><div>I have quick question related to building the Hessian matrix using the calpha- and anisotropic network force fields. The question is whether the distance vectors (for pairs of c-alphas) are normalized prior to the calculation of the second derivatives. </div>
<div><br></div><div>It seems to me that to reproduce the ANM-modes, the vectors should not be normalized, in contrast to the calpha-ff. This seems compatible when I try to find my way through the source code of both MMTK and ProDy (ANM), but the rationale for this is a bit unclear. Or am I on totally wrong tracks here? </div>
<div><br></div><div>All best, </div><div>Lars</div><div>  <br></div><div><br></div></div></div>