<div dir="ltr"><div><div><div></div>Dear Konrad, <br></div>I'm doing a small implementation of the Calpha-FF and NMA. So far I reproduce the eigenvectors (from MMTK) when using the AnisotropicNetworkFF, but I'm slightly off when I use the CalphaFF or DeformationFF. I was therefore hoping you could help me out with some details. <br>
<br></div>I suspect my error might be related to the force constant calculation. For the CalphaFF I use equation 17 in your paper "Harmonicity in slow protein dynamics": <br>-----<br>     if( r < .4)<br>      k = (8.6*(10**5)*r) - (2.39*(10**5))<br>
    else<br>      k = 128 * r**(-6)<br>-----<br><div>Is this also the implementation in MMTK? (sorry - couldn't find it in the code). To avoid confusion with the units, I transformed my cartesian coordiates to nm.<br>
<br></div><div>Is there a way I can print these forceconstants for all pairs of ca-atoms (for my own debugging purpose)? I know the energyAndForceConstants(), but this gives the entire Hessian matrix.. <br></div><div><div>
<br></div><div>For the record I'm comparing my modes with EnergeticModes() and EnergeticMode.rawMode() to avoid temperature scaling and mass-weighting:<br></div><div><div>-----<br>universe = InfiniteUniverse(CalphaForceField())<br>
modes=EnergeticModes(universe, temperature=None)<br>modes.rawMode(6).array<br>-----<br><br></div><div><br></div><div>Kind regards, <br>Lars<br></div><div><br><br><br><br><br><br><br></div></div></div></div>