<div dir="ltr">Ok, sorry I was trying to find out if MMTK could calculate the approximate minimum free energy profile <i>ab initio</i> from a sequence. Is there a way to do this with MMTK or should I try another tool? Thanks.<br>
Reggie<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 28, 2013 at 10:43 AM, Konrad Hinsen <span dir="ltr"><<a href="mailto:research@khinsen.fastmail.net" target="_blank">research@khinsen.fastmail.net</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im"><br>
 > AAAAA. However, that (and any other sequence I tried) kept giving potential energy and<br>
 > gradient results of not-a-number (NaN). Below is my code and any help is appreciated.<br>
 ><br>
</div><div class="im"> > # Create one peptide and calculate energy<br>
 > universe = InfiniteUniverse(Amber94ForceField())<br>
 > universe.peptide = PeptideChain('AAAAA',n_terminus=0,c_terminus=0)<br>
<br>
</div>If you create a peptide chain from just its sequence, it has no<br>
conformational data. You then calculate the energy for a system with undefined<br>
positions, which explains the NaN values.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Konrad.<br>
--<br>
---------------------------------------------------------------------<br>
Konrad Hinsen<br>
Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>
Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>
Saint Aubin - BP 48<br>
91192 Gif sur Yvette Cedex, France<br>
Tel. <a href="tel:%2B33-1%2069%2035%2097%2015" value="+33169359715">+33-1 69 35 97 15</a><br>
E-Mail: research AT khinsen DOT fastmail DOT net<br>
<a href="http://dirac.cnrs-orleans.fr/~hinsen/" target="_blank">http://dirac.cnrs-orleans.fr/~hinsen/</a><br>
---------------------------------------------------------------------<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Reginald Smith (史瑞吉)<br><a href="mailto:rsmith@sloan.mit.edu">rsmith@sloan.mit.edu</a>
</div>