<div dir="ltr"><div>Hi, I was trying to test out the code for MMTK on an AWS Ubuntu EC2 instance with Python 2.7 installed. I got NetCDF, Scientific Python, and MMTK loaded and then I created a test program to rapidly calculate the minimum free energy of a short peptide sequence, AAAAA. However, that (and any other sequence I tried) kept giving potential energy and gradient results of not-a-number (NaN). Below is my code and any help is appreciated.</div>
<div> </div><div> </div><div><br>from MMTK import *<br>from MMTK.Proteins import PeptideChain<br>from MMTK.ForceFields import Amber94ForceField<br>from MMTK.NormalModes import NormalModes<br>from MMTK.Minimization import ConjugateGradientMinimizer<br>
from MMTK.Trajectory import StandardLogOutput<br>from MMTK.Visualization import view</div><div> </div><div># Create one peptide and calculate energy<br>universe = InfiniteUniverse(Amber94ForceField())<br>universe.peptide = PeptideChain('AAAAA',n_terminus=0,c_terminus=0)<br>
print universe.peptide.sequence()<br>print len(universe.peptide)<br># Minimize<br>minimizer = ConjugateGradientMinimizer(universe,<br>                                       actions=[StandardLogOutput(50)])<br>minimizer(convergence = 1.e-3, steps = 10000)</div>
<div><br>-- <br>Reginald Smith (史瑞吉)<br></div></div>