Hi all,<br>            I could install MMTK by the changing the path trajectory.h/Scientific/netcdf.h. Now I want to calculate normal modes for a given protein. I following the example given in MMTK site. When I use those commands I get the following error:<br>
<br><pre><b>from</b> MMTK <b>import</b> *<br><br><b>from</b> MMTK.Proteins <b>import</b> Protein<br><b>from</b> MMTK.ForceFields <b>import</b> Amber94ForceField<br><b>from</b> MMTK.NormalModes <b>import</b> NormalModes<br>
<br></pre>from MMTK.Minimization import ConjugateGradientMinimizer<br>Traceback (most recent call last):<br>  File "<stdin>", line 1, in <module><br>  File "/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/MMTK/Minimization.py", line 13, in <module><br>
    from MMTK import Features, ThreadManager, Trajectory, Units<br>  File "/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/MMTK/Trajectory.py", line 24, in <module><br>    "because the netCDF module is missing.")<br>
MMTK.Utility.MMTKError: Trajectories are not available because the netCDF module is missing.<br><br><br>I have netCDF installed in my system. I use python 2.6.6. Can anyone please help me to understand this error.<br><br>
Thanking you in advance,<br>Mohan <br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Mohan maruthi sena</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:maruthi.sena@gmail.com">maruthi.sena@gmail.com</a>></span><br>
Date: Tue, Dec 11, 2012 at 10:22 AM<br>Subject: Installation problems -MMTK- ubuntu 10.10<br>To: mmtk <<a href="mailto:mmtk@starship.python.net">mmtk@starship.python.net</a>><br><br><br>Hello Sir,<br>                 I want to install MMTK  in my system but when run the command ' python setup.py build' , I get the following error as shown below:<br>
<br><br>config/intlen.c: In function ‘main’:<br>config/intlen.c:6: warning: format ‘%d’ expects type ‘int’, but argument 2 has type ‘long unsigned int’<br>
running build<br>running build_py<br>running build_ext<br>building 'MMTK_DCD' extension<br>gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -DLIBM_HAS_ERFC -D_LONG64_ -DEXTENDED_TYPES -IInclude -I/usr/lib/python2.6/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.6 -c Src/MMTK_DCD.c -o build/temp.linux-x86_64-2.6/Src/MMTK_DCD.o -DUSE_NETCDF_H_FROM_SCIENTIFIC=1 -DNUMPY=1<br>

In file included from Src/MMTK_DCD.c:9:<br>Include/MMTK/trajectory.h:15: fatal error: Scientific/netcdf.h: No such file or directory<br>compilation terminated.<br>error: command 'gcc' failed with exit status 1<br>

<br>Can anyone please suggest me a way to rectify this.<br><br><br><br><br><br>Thanking you in advance,<br>K.Mohan Maruthi<br><br>
</div><br>