Hi all,<br>            I want to calculate  normal modes for a protein using mmtk.  I have taken a part of protein ,one residue containing five atoms. In principle it has 3N degrees of freedom and hence less than 15 frequencies. I have calculated frequencies as given in the tutorial and I got 35 frequencies. Can anyone please explain how does mmtk calculates frequencies and why I got 35 frequencies? The pdb and MMTK  commands that I have used are shown below:<br>
<br>pdb:<br>ATOM      1  N   ALA A   2      35.783  48.487  14.085  1.00 27.25           N<br>ATOM      2  CA  ALA A   2      36.957  47.698  13.544  1.00 26.83           C<br>ATOM      3  C   ALA A   2      38.160  47.994  14.479  1.00 26.43           C<br>
ATOM      4  O   ALA A   2      39.143  48.684  14.282  1.00 26.80           O<br>ATOM      5  CB  ALA A   2      37.292  47.895  12.115  1.00 26.88           C<br>END<br><br>MMTK commands:<br><pre><b>from</b> MMTK <b>import</b> *<br>
<br><b>from</b> MMTK.Proteins <b>import</b> Protein<br><b>from</b> MMTK.ForceFields <b>import</b> Amber94ForceField<br><b>from</b> MMTK.NormalModes <b>import</b> NormalModes</pre><br><pre>universe = InfiniteUniverse(Amber94ForceField())
universe.protein = Protein('two.pdb')<br>modes = NormalModes(universe)<br><b>for</b> mode <b>in</b> modes:<br>    <b>print</b> mode<br><br>Thanking you in advance,<br>Mohan<br></pre>