Dear 子茗,<br>The hessian matrix is the second derivative matrix of the 
energy. So you have to decide which energy (i.e. force field) to use. 
Some require a longer setup than others. And they have different 
strengths and weaknesses. There are examples in the MMTK web page on how
 to setup a calculation and one on the normal modes with a coarse 
grained force field (Calpha). Normal modes are the eigenvectors of the 
hessian, so that is a good place to start.<br>
When asking a question to the list you have to be more specific in you 
question. In fact, you have to implicitly show that you have gone 
through the documentation and the examples and that you couldn't find an
 answer there. If you have just started using MMTK (or any other 
software) you have to learn how it works. Don't expect to solve your 
specific problem just typing a few lines.<br>
Hope this helped.<br>Yours,<br>Ramon Crehuet <br><br><br><br><div class="gmail_quote">2012/11/4 子茗 <span dir="ltr"><<a href="mailto:810918909@qq.com" target="_blank">810918909@qq.com</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>I am new to MMTK so I write it for help!</div>
<div>I want to get the Hessian matrix for a given protein which comes from protein data bank. And now I just do not know what to imput to the commond window to get the matrix.</div>
<div>so would you help me out? please tell me how to do,thanks!<br></div><br>_______________________________________________<br>
mmtk maillist  -  <a href="mailto:mmtk@starship.python.net">mmtk@starship.python.net</a><br>
<a href="http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk" target="_blank">http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk</a><br>
<br></blockquote></div><br>