<DIV>Hi friendsú║</DIV>
<DIV>I want to use MMTK to do some work about normal mode analysis,accurately I want get the hessian matrix of the energy function.however I'm a freshman so there are many thing I can not figure out.</DIV>
<DIV>first I input some code like these:</DIV>
<DIV>from MMTK import *<BR>>>> universe.protein=Protein('bala1')</DIV>
<DIV>>>> minimizer=ConjugateGradientMinimizer(universe,actions=[StandardLogOutput(50)])<BR>>>> minimizer(convergence=1.e-3,steps=10000)</DIV>
<DIV>>>> energyandhess=universe.energyAndForceConstants()<BR>>>> hess=energyAndhess[1].array</DIV>
<DIV>now I get the hessian matrix using the all-atom forcefield,next,how can I put this matrix into a file for later use?</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>modes=NormalModes(universe)</DIV>
<DIV>from this command I can get the modes of the protein, the same question is how can I save the frequency and eignvector of each mode to a file, and how can I visualize the modes use VMD?</DIV>
<DIV>thaks!</DIV>