<div>Not sure what the commands in MMTK are, but if you don't care about losing the header at the top, you are only working with single-model files, and just want the ATOM lines, you can just use grep.</div><div><div><br>
</div><div>For example:</div><div>grep ^ATOM 1HHP.pdb | grep ' CA ' > 1HHP_just_CA.pdb</div><div><br></div><div>Then to apply to many files, you can call grep in a bash for-loop.</div><div>So if all your pdb files are in the same directory, you can do:</div>
<div><br></div><div>for f in *.pdb;<div> do grep ^ATOM $f | grep ' CA ' > `basename $f .pdb`_just_CA.pdb</div><div>done</div></div><div><br><div class="gmail_quote">On Sun, Jun 10, 2012 at 10:08 AM, Tasneem Ali <span dir="ltr"><<a href="mailto:tasneem.ali2011@gmail.com" target="_blank">tasneem.ali2011@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">hello,<div>Is there any way software to convert all atom PDB files into the files containing only C-alpha atoms. I have to convert around 13000 files, so ,i need some smarter way.</div>

<br>_______________________________________________<br>
mmtk maillist  -  <a href="mailto:mmtk@starship.python.net">mmtk@starship.python.net</a><br>
<a href="http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk" target="_blank">http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>