Hi,<br>I have performed a normal mode calculation (Calpha) and I am not sure I understand how to scale the modes so that they are orthonormalized. Here is what I did. I highlight the results I do not understand:<br><br>In [142]: m1 = modes[6]<br>
<br>In [143]: m2 = modes[7]<br><br>In [144]: m1n = m1.scaledToNorm(1.0)<br><br>In [145]: m2n = m2.scaledToNorm(1.0)<br><br>In [146]: m1n.dotProduct(m1n)<br>Out[146]: 0.99999999999999933<br><br>In [147]: m1n.dotProduct(m2n)<br>
<b>Out[147]: -0.03252152503309657</b>   <--- Shouldn't that be much closer to zero.<br><br>In [148]: m1n.massWeightedDotProduct(m1n)<br>Out[148]: 111.55207167730333<br><br>In [149]: m1n.massWeightedDotProduct(m2n)<br>
Out[149]:<b> -3.7296554733501353e-14</b>  <--- Why is this zero if they have not been mass-wheighted scaled?<br><br>In [150]: m1mwn = m1.scaledToMassWeightedNorm(1.0)<br><br>In [151]: m2mwn = m2.scaledToMassWeightedNorm(1.0)<br>
<br>In [152]: m1mwn.dotProduct(m1mwn)<br>Out[152]: 243.25508179263176<br><br>In [153]: m1mwn.dotProduct(m2mwn)<br>Out[153]: -7.8259677207915503<br><br>In [154]: m1mwn.massWeightedDotProduct(m1mwn)<br>Out[154]: <b>27135.608319999963</b>    <------- I would expect that to be 1.0<br>
<br>In [155]: m1mwn.massWeightedDotProduct(m2mwn)<br>Out[155]: -1.1544543099262228e-11<br><br>Could someone clarify how to scale the modes so that their norm is 1.0 and their dot product zero?<br>Thanks in advance,<br>Ramon<br>
<br>