<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<body bgcolor="#FFFFFF">
Hi <br>
i try to explain <br>
<br>
modes[i] are not the orthogonal modes weighted by mass_i as the result of solving the eigenequation.<br>
These are the unscaled  vectors in real space as a displacement, which are not orthogonal.<br>
<br>
m1n.dotProduct(m1n)=1 is because of the scaledToNorm<br>
m1n.dotProduct(m2n)!= 0 because they are not orthogonal as it should<br>
......and so on<br>
<br>
To get the eigenvectors of the eigenequation use this<br>
m7=modessub.rawMode(7)<br>
m8=modessub.rawMode(8)<br>
<br>
and you will get<br>
m7.dotProduct(m8)=0<br>
and<br>
m7.dotProduct(m7)=1<br>
<br>
try <br>
help modessub[7]<br>
<br>
and read the Note on line 9<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">Viele Grüsse
and best wishes

Ralf Biehl


-- 

Dr. Ralf Biehl
Jülich Centre for Neutron Science (JCNS-1) &
Institute for Complex Systems (ICS-1)
Forschungszentrum Jülich
52425 Jülich
Germany

Tel.:   +49-(0)2461-61-4685
Fax:    +49-(0)2461-61-2610
Email:  <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:ra.biehl@fz-juelich.de">ra.biehl@fz-juelich.de</a>
Web:    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.fz-juelich.de/iff/d_ins">http://www.fz-juelich.de/iff/d_ins</a></pre>
<br>
On 12.04.2012 13:13, Ramon Crehuet wrote:
<blockquote type="cite">Hi,<br>
I have performed a normal mode calculation (Calpha) and I am not sure I understand how to scale the modes so that they are orthonormalized. Here is what I did. I highlight the results I do not understand:<br>
<br>
In [142]: m1 = modes[6]<br>
<br>
In [143]: m2 = modes[7]<br>
<br>
In [144]: m1n = m1.scaledToNorm(1.0)<br>
<br>
In [145]: m2n = m2.scaledToNorm(1.0)<br>
<br>
In [146]: m1n.dotProduct(m1n)<br>
Out[146]: 0.99999999999999933<br>
<br>
In [147]: m1n.dotProduct(m2n)<br>
<b>Out[147]: -0.03252152503309657</b>   <--- Shouldn't that be much closer to zero.<br>
<br>
In [148]: m1n.massWeightedDotProduct(m1n)<br>
Out[148]: 111.55207167730333<br>
<br>
In [149]: m1n.massWeightedDotProduct(m2n)<br>
Out[149]:<b> -3.7296554733501353e-14</b>  <--- Why is this zero if they have not been mass-wheighted scaled?<br>
<br>
In [150]: m1mwn = m1.scaledToMassWeightedNorm(1.0)<br>
<br>
In [151]: m2mwn = m2.scaledToMassWeightedNorm(1.0)<br>
<br>
In [152]: m1mwn.dotProduct(m1mwn)<br>
Out[152]: 243.25508179263176<br>
<br>
In [153]: m1mwn.dotProduct(m2mwn)<br>
Out[153]: -7.8259677207915503<br>
<br>
In [154]: m1mwn.massWeightedDotProduct(m1mwn)<br>
Out[154]: <b>27135.608319999963</b>    <------- I would expect that to be 1.0<br>
<br>
In [155]: m1mwn.massWeightedDotProduct(m2mwn)<br>
Out[155]: -1.1544543099262228e-11<br>
<br>
Could someone clarify how to scale the modes so that their norm is 1.0 and their dot product zero?<br>
Thanks in advance,<br>
Ramon<br>
<br>
<br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <br>
<pre>_______________________________________________
mmtk maillist  -  <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:mmtk@starship.python.net">mmtk@starship.python.net</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk">http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk</a>
</pre>
</blockquote>
<br>
<font face="Arial" color="Black" size="1"><br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
Forschungszentrum Juelich GmbH<br>
52425 Juelich<br>
Sitz der Gesellschaft: Juelich<br>
Eingetragen im Handelsregister des Amtsgerichts Dueren Nr. HR B 3498<br>
Vorsitzender des Aufsichtsrats: MinDir Dr. Karl Eugen Huthmacher<br>
Geschaeftsfuehrung: Prof. Dr. Achim Bachem (Vorsitzender),<br>
Karsten Beneke (stellv. Vorsitzender), Prof. Dr.-Ing. Harald Bolt,<br>
Prof. Dr. Sebastian M. Schmidt<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Kennen Sie schon unsere app? http://www.fz-juelich.de/app<br>
</font>
</body>
</html>