<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<body bgcolor="#FFFFFF">
Dear Konrad  <br>
<br>
<br>
I was trying to reduce a bit the memory usage of the normal mode calculation of a large system.<br>
I found by this in NormalModes/Core.py the function <br>
symeig from an external source<br>
<br>
This project or better the source is not available anymore, but the wrapper for the underlying lapack functions has moved to scipy and is included as scipy.linalg.eig<br>
Changing the small pieces attached at the end allow the usage of scipy.linalg.eigh instead of symeig in NormalModes/Core.py<br>
<br>
<br>
Testing with AmberFF  and insulin.pdb in mode='all' the Normal mode calculation is a bit faster<br>
(232 s instead of 291s ) but unfortunately the memory usage is not changed.<br>
<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">Viele Grüsse
and best wishes

Ralf 
</pre>
<br>
Changes:<br>
#####line 20-30<br>
<b>eigh </b>= None<br>
if array_package == "NumPy":<br>
....<br>
    try:<br>
        from scipy.linalg import <b>eigh</b><br>
    except ImportError:<br>
        pass<br>
<br>
####line 260-265<br>
        if <b>eigh</b> is not None:<br>
            _symmetrize(self.array)<br>
            ev, modes = <b>eigh</b>(self.array, <b>overwrite_a</b>=True)<br>
            self.array = N.transpose(modes)<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">

-- 

Dr. Ralf Biehl
Jülich Centre for Neutron Science (JCNS-1) &
Institute for Complex Systems (ICS-1)
Forschungszentrum Jülich
52425 Jülich
Germany

Tel.:   +49-(0)2461-61-4685
Fax:    +49-(0)2461-61-2610
Email:  <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:ra.biehl@fz-juelich.de">ra.biehl@fz-juelich.de</a>
Web:    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.fz-juelich.de/iff/d_ins">http://www.fz-juelich.de/iff/d_ins</a></pre>
<br>
<font face="Arial" color="Black" size="1"><br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
Forschungszentrum Juelich GmbH<br>
52425 Juelich<br>
Sitz der Gesellschaft: Juelich<br>
Eingetragen im Handelsregister des Amtsgerichts Dueren Nr. HR B 3498<br>
Vorsitzender des Aufsichtsrats: MinDir Dr. Karl Eugen Huthmacher<br>
Geschaeftsfuehrung: Prof. Dr. Achim Bachem (Vorsitzender),<br>
Karsten Beneke (stellv. Vorsitzender), Prof. Dr.-Ing. Harald Bolt,<br>
Prof. Dr. Sebastian M. Schmidt<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Kennen Sie schon unsere app? http://www.fz-juelich.de/app<br>
</font>
</body>
</html>