Hello All,<br>         I'm new to MMTK and I'm not familiar with Normal Mode Analysis.<br>         I tried a tiny protein with only two residues(LYS and VAL). And the coordinate of Calpha atom is [0.102,0.9618,0.9045] and [0.1236,1.2954,0.7236].<br>
         I think the energy equation should be E = 1/2*C*[(x1-x2)**2].<br>          But I can not understand the force constants matrix given by MMTK<br>         It looks like£º<br>         [[[   287.14341492   4474.65154911  -2404.82609992]<br>
           [  -287.14341492  -4474.65154911   2404.82609992]]<br><br>           [[  4474.65154911  69729.98664023 -37475.20672376]<br>           [ -4474.65154911 -69729.98664023  37475.20672376]]<br><br>           [[ -2404.82609992 -37475.20672376  20140.41858683]<br>
            [  2404.82609992  37475.20672376 -20140.41858683]]]<br>     .....................<br>        Could any one explain me how the matrix was generated? E.g. How to get the first element 287.1434..?<br><br><br>Thanks in advance.<br>
<br>Shen<br><br>