Konrad, thanks for your thorough explanation.  I think I'm going to stick with the slow O(n^2) way of determining energies for all included nonbonded pairs.  Using the NonbondedList seems a little tricky.  It involves reading through the C code, and the script (copying from your two examples) keeps getting seg faults.<div>
<br></div><div>I was wondering why when I sum the LJ-potentials over all atom pairs which are non  excluded_pairs or one_four_pairs, I get a total of 561 kJ/mol.  The LJ-potential for the system from universe.energyTerms() is 31 kJ/mol.  This agrees with the LJ-potential I get when I sum the LJ-potentials between each pair of residues.  Why the discrepancy in the energies?</div>
<div><br></div><div>Thanks!</div><div>-Naomi</div><div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 2, 2012 at 12:33 AM, Konrad Hinsen <span dir="ltr"><<a href="mailto:research@khinsen.fastmail.net">research@khinsen.fastmail.net</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">Naomi Fox writes:<br>
<br>
 > I would like to efficiently print out each non-bonded atom pair interaction<br>
 > and its associated LJ and coulombic potentials.<br>
 ><br>
 > I have used the example the MMTK file 'Examples/Miscellaneous/<br>
 > force_field_parameters.py' as a template.<br>
<br>
</div>That's a good start, and in fact the only way to obtain the parameters<br>
at the Python level.<br>
<div class="im"><br>
 > How do I get all the atom pairs with a distance below some cutoff?<br>
 > Do the forcefields, for example Amber99, maintain some internal<br>
 > list of these?<br>
<br>
</div>Not the force fields (they can't), but the energy evaluators do.  An<br>
energy evaluator is the result of applying a force field to a<br>
universe. Applying an energy evaluator to a configuration then yields<br>
the energy.<br>
<br>
The energy evaluators use a NonbondedList object to track pairs of<br>
atoms within a given cutoff as they move in a Molecular Dynamics<br>
simulation. NonbondedLists weren't meant to be used directly in user<br>
scripts, which explains that their interface is not the most<br>
convenient one, but it is certainly possible to do so and two examples<br>
have been discussed earlier in this forum:<br>
<br>
   <a href="http://starship.python.net/pipermail/mmtk/1999/000129.html" target="_blank">http://starship.python.net/pipermail/mmtk/1999/000129.html</a><br>
<br>
   <a href="http://starship.python.net/pipermail/mmtk/2007/001306.html" target="_blank">http://starship.python.net/pipermail/mmtk/2007/001306.html</a><br>
<br>
Konrad.<br>
--<br>
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Konrad Hinsen<br>
Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>
Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>
Saint Aubin - BP 48<br>
91192 Gif sur Yvette Cedex, France<br>
Tel. <a href="tel:%2B33-1%2069%2035%2097%2015" value="+33169359715">+33-1 69 35 97 15</a><br>
E-Mail: research AT khinsen DOT fastmail DOT net<br>
<a href="http://dirac.cnrs-orleans.fr/~hinsen/" target="_blank">http://dirac.cnrs-orleans.fr/~hinsen/</a><br>
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_______________________________________________<br>
mmtk maillist  -  <a href="mailto:mmtk@starship.python.net">mmtk@starship.python.net</a><br>
<a href="http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk" target="_blank">http://starship.python.net/mailman/listinfo/mmtk</a><br>
</blockquote></div><br></div></div>