I would like to efficiently print out each non-bonded atom pair interaction and its associated LJ and coulombic potentials.<br><br>I have used the example the MMTK file 'Examples/Miscellaneous/force_field_parameters.py' as a template.<br>
<br>I am able to get the set in an O(n^2) fashion as so:<br><br><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px">nonbondedparams = parameters['nonbonded']<br>allatoms = universe.atomCollection()<br>notexcludedlj = []<br>
for i in range(0, universe.numberOfAtoms()):<br>    for j in range(i+1,  universe.numberOfAtoms() ):<br>        energyterms = universe.energyTerms(allatoms[i], allatoms[j])<br>        if (i,j) in nonbondedparams['excluded_pairs'] or (i,j) in nonbondedparams['one_four_pairs']:<br>
            print i, j, "excluded or one_four_pair"<br>        else:<br>            print i, j, energyterms['Lennard-Jones']</blockquote><br>How do I get all the atom pairs with a distance below some cutoff?<br>
Do the forcefields, for example Amber99, maintain some internal list of these?<br>