<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>



Hi all,<BR> <BR>Could you help me to make a universe that has a protein with a heme that is connected to the protein. I use 1A6G for my study. The pdb file has a protein and a heme, and they are connected together. If I use "MMTK.Proteins.Protein(pdbFile)" to generate a protein structure, it remove water and heme, but take only protein part. I need a molecule of the pdb file, where both protein and heme are connected as described in the pdb file. Can you help me to generate it?<BR> <BR>I tried to use "MMTK.PDB.PDBConfiguration" as follows:<BR> <BR>config = MMTK.PDB.PDBConfiguration('1A6G.pdb');<br>univ = MMTK.InfiniteUniverse();<br>univ.addObject(config.createAll());<BR> <BR>And, the call "config.createAll()" throw following errors:<BR> <BR>Traceback (most recent call last):<br>  File "<stdin>", line 1, in <module><br>  File "C:\Python27\lib\site-packages\MMTK\PDB.py", line 428, in createAll<br>    molecules = self.createMolecules(molecule_names, permit_undefined)<br>  File "C:\Python27\lib\site-packages\MMTK\PDB.py", line 368, in createMolecules<br>    setConfiguration(m, [molecule])<br>  File "C:\Python27\lib\site-packages\MMTK\PDB.py", line 534, in setConfiguration<br>    pdbmap[i], altmap, atom_map)<br>  File "C:\Python27\lib\site-packages\MMTK\PDB.py", line 497, in setResidueConfiguration<br>    pdbmap[0] + ' of object ' + object.fullName())<br>IOError: Atom NA of PDB residue HEM not found in residue HEM of object heme<BR> <BR>Thank you.<BR> <BR>Best regards,<br>-- Hyuntae<BR>                                    </div></body>
</html>