Hello all,<div><br></div><div>I am new to MMTK and have looked around a bit to get to what I want. </div><div><br></div><div>I want to compute the Hessian matrix for given protein conformation using force-field. Here are the steps I have done </div>

<div><br></div><div>#create universe</div><div><div>universe = InfiniteUniverse(Amber94ForceField())</div><div>#add protein to Universe</div><div>universe.protein = Protein(pdbFile)</div></div><div>energyAndHess = universe.energyAndForceConstants()</div>

<div>hess = energyAndHess[1].array</div><div><div>numAtom = hess.shape[0]</div><div>#reshape hess</div><div>hess.shape = numAtom*3,numAtom*3</div></div><div><div>#make it symmetric</div><div>he = numpy.triu(hess)</div><div>

hess = he + he.T - np.diag(hess)*np.eye(hess.shape[0])</div></div><div><br></div><div>Am i correct in obtaining hessian this way?</div><div><br></div><div>I want to check my hessian matrix, just to make sure, with Gromacs. I was able to generate the hessian but both the matrices do not match. </div>

<div>I see that it is possible that I am using a completely different set-up than that is used in MMTK's universe. If I have to do that, what is the configuration file I have to use for Gromacs? If not, is there anyway I can check my hessian's validity?</div>

<div><br></div><div>Thanks a lot</div><div>Have a good day,</div><div>santhosh</div>