Dear Konrad,<br><br><br>Today I've examined NMA options in MMTK by the examination of the script presented on the MMTK site. I'd like to discuss it because I have some questions<br><br>Firstly<br><br># Construct system<br>
universe = InfiniteUniverse(AnisotropicNetworkForceField(cutoff=1))<br>universe.protein = Protein('3pqr_a.pdb', model='calpha')<br><br><br>What exsctly MMTK's force field is most suitable for cg NMA? I've found several CG force fields like AMM ff, C-alpha ff, deformation ff etc. What force field could be most suitable for the study of biological motions of globular (enzymes) or membrane proteins ( receptors, channels) ?<br>
In the past I worked only with ANM where I could varry Cutoff distance as well as Gamma united force constant. I've found how to chanhe cutoff but how I can define gamma function ? <br><br><br>Then<br><br># Find a reasonable basis set size and cutoff<br>
nbasis = max(10, universe.numberOfAtoms()/5)<br>cutoff, nbasis = estimateCutoff(universe, nbasis)<br><br>I think that the above just for the reduce sample conformation space of the macromolecule. (reduction number of output modes from 3N-6 to nbasis based). Does it true? It's not fullyunderstand what exactly is nbasis and how I can define it. E.g in nbasis = max(10, universe.numberOfAtoms()/5) what the values 10 and 5 were used ? <br>
<br><br>So If nbased was defined correctly<br>    subspace = FourierBasis(universe, cutoff)<br>    modes = SubspaceNormalModes(universe, subspace,temperature=300.0)<br>The normal modes would be calculated in the narrow subspace.<br>
<br>Finally about examination of the results. I have problems with the graphical representation ( I've created about this separate topic). But now I'd like to plot my results. Resently I've used matlibplot to plot python data. Does this options supported by the MMTK?<br>
Could you show me simple example how I can plot RMSF of my protein along desired normal mode or plot correlation map for the residues?<br><br>Thank you for help,<br><br>James<br><br>