<HTML><BODY>Dear MMTK users!<br><br><br>I've forsed with some problem during loading of my pdb structure to the MMTK.<br><br>First of all I operate with full atomic models of my proteins obtained by the homology modelling teqnique. ( see atached example )<br><br>When I've tried to load this structure to the MMTK i've obtained error message <br><br>IOError: Atom H of PDB residue VAL not found in residue Val of object .Val45<br><br>but Val45 ( as other residues in this structure) consist of all atoms- e.g<br><br><br>ATOM    674  N   VAL    45      30.950  51.650  51.300  1.00  0.00<br>ATOM    675  H   VAL    45      30.310  50.880  51.110  1.00  0.00<br>ATOM    676  CA  VAL    45      31.660  51.710  52.580  1.00  0.00<br>ATOM    677  HA  VAL    45      31.420  52.670  53.040  1.00  0.00<br>ATOM    678  CB  VAL    45      31.160  50.580  53.510  1.00  0.00<br>ATOM    679  HB  VAL    45      31.220  49.640  52.970  1.00  0.00<br>ATOM    680  CG1 VAL    45      31.990  50.450  54.790  1.00  0.00<br>ATOM    681 1HG1 VAL    45      31.590  49.640  55.400  1.00  0.00<br>ATOM    682 2HG1 VAL    45      33.010  50.210  54.540  1.00  0.00<br>ATOM    683 3HG1 VAL    45      31.950  51.380  55.360  1.00  0.00<br>ATOM    684  CG2 VAL    45      29.710  50.840  53.940  1.00  0.00<br>ATOM    685 1HG2 VAL    45      29.370  50.040  54.590  1.00  0.00<br>ATOM    686 2HG2 VAL    45      29.650  51.790  54.470  1.00  0.00<br>ATOM    687 3HG2 VAL    45      29.070  50.880  53.070  1.00  0.00<br>ATOM    688  C   VAL    45      33.180  51.660  52.380  1.00  0.00<br>ATOM    689  O   VAL    45      33.910  52.490  52.930  1.00  0.00<br><br>It seems that MMTK could not find hydrogens like 1HG1 2HG1 3HG1 etc<br><br>How I can add this atoms to MMTK database ? Or it'll be also also very comfortable that it'd be an apperation wich modify PDB to the suitable form ( e.g gromacs deleate all hydrogens and then build it at once)<br><br>Thank you for your help,<br><br>Gleb<br></BODY></HTML>