The error appears when I run that command:<br><br>trajectory = Trajectory(self.universe, &quot;<a href="http://dynamics.nc">dynamics.nc</a>&quot;, &quot;w&quot;, &quot;MD test&quot;)<br><br>Where the self.universe is the universe created by Chimera for the MMTK. I have put a print statement before the crash happens in _typename:<br>

<br>print self.type<br><br>The self.type when it crashes is None.<br><br>I&#39;m using Ubuntu right now.<br><br>Thanks for your help.<br><br><div class="gmail_quote">2011/5/5 Konrad Hinsen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:research@khinsen.fastmail.net">research@khinsen.fastmail.net</a>&gt;</span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">On 5 May 2011, at 23:18, Victor Muñoz wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Problem fixed. I just used the VelocityVerletIntegrator() instead of writing it like in the MD integrator in python example. This way the universe keeps updating and I can mantain fixed the atoms I want.<br>
</blockquote>
<br></div>
Now I understand what went wrong: every integrator and minizer has to know about fixed atoms and handle them specificlly. VelocityVerletIntegrator does, the Python example doesn&#39;t, because I wanted to keep it as simple as possible.<div class="im">

<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Now I have other problem when I try to save the MD. When I run the Trajectory() script in the MMTK, I get the error &#39;NoneType&#39; object has no attribute &#39;name&#39; in :<br>
<br>
File &quot;/home/victor/bin/chimera_1.5.2/lib/python2.7/site-packages/MMTK/ChemicalObjects.py&quot;, line 486, in _typeName<br>
    return <a href="http://self.type.name" target="_blank">self.type.name</a><br>
</blockquote>
<br></div>
Which script exactly are you running? And what is your system? The error message points to some problem with identifying some object in your universe.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
I&#39;m trying to save the dynamics into the netCDF format using the universe created by the UCSF chimera, as the dynamics already works. But neither Conrad nor I knows which type do we need in order for Trajectory() to work.<br>


</blockquote>
<br></div>
Can you check (and tell me) what &quot;self.type&quot; is when the crash happens? You can find out quickly using a debugger such as pdb.<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
Konrad.<br>
--<br>
---------------------------------------------------------------------<br>
Konrad Hinsen<br>
Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>
Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>
Saint Aubin - BP 48<br>
91192 Gif sur Yvette Cedex, France<br>
Tel. +33-1 69 35 97 15<br>
E-Mail: research at  khinsen dot fastmail dot net<br>
---------------------------------------------------------------------<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div style="text-align: center;"><img src="http://farm5.static.flickr.com/4045/4194316803_f773f9c017_o.jpg"></div><br>