Dear all,<br><br>Problem fixed. I just used the VelocityVerletIntegrator() instead of writing it like in the MD integrator in python example. This way the universe keeps updating and I can mantain fixed the atoms I want.<br>

<br>Now I have other problem when I try to save the MD. When I run the Trajectory() script in the MMTK, I get the error &#39;NoneType&#39; object has no attribute &#39;name&#39; in :<br><br>File &quot;/home/victor/bin/chimera_1.5.2/lib/python2.7/site-packages/MMTK/ChemicalObjects.py&quot;, line 486, in _typeName<br>

    return <a href="http://self.type.name">self.type.name</a><br><br>I&#39;m trying to save the dynamics into the netCDF format using the universe created by the UCSF chimera, as the dynamics already works. But neither Conrad nor I knows which type do we need in order for Trajectory() to work.<br>

-- <br><div style="text-align: center;"><img src="http://farm5.static.flickr.com/4045/4194316803_f773f9c017_o.jpg"></div><br>