Dear all,<br><br>I&#39;m trying to run a MD with MMTK. I want to define some atoms as fixed, and as I have readed in the users manual, I&#39;m giving them the attribute fixed with value one, setting the rest of atoms as fixed = 0. The way I&#39;m doing it is the following:<br>

<br>for a in self.universe.atomList():<br>          if a in selected_atoms:<br>                      a.fixed = 1<br>          else:<br>                      a.fixed = 0<br><br>were the selected_atoms are the atoms I want to maintain fixed. If i print the atom.fixed value for every atom, I can see that the previous code worked fine, and values 0 and 1 are given to atom.fixed attribute. But when I run the simulation, none of the atoms is kept as fixed. Maybe I am doing something wrong?<br>

<br>Thanks for the help. <br><br>Kind regards,<br><br>-- <br><div style="text-align: center;"><img src="http://farm5.static.flickr.com/4045/4194316803_f773f9c017_o.jpg"></div><br>