<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div>Dear Konrad,</div>
<div><br>
</div>
<div>It seems that the subroutine replaceResidue in class SubChain (Proteins.py, MMTK v2.7.3) contains a bug which causes a program crash.&nbsp;The issue is in lines 532 and 535, where the zeroth element of 'peptide_old' array is requested. This array is supposed
 to contain bonds of N and C peptide atoms of old residues. However, these atoms and corresponding bonds are removed just few lines above, so this array (at least sometimes) is empty. Here is a simple patch to fix this problem, which is attached to this message.&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Sincerely yours,</div>
<div><br>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Dr Marat R. Talipov</p>
<p class="MsoNormal">Postdoctoral Fellow</p>
<p class="MsoNormal">Department of Chemistry,&nbsp;Marquette University</p>
<p class="MsoNormal">Wehr Chemistry Building,&nbsp;P.O. Box 1881</p>
<p class="MsoNormal">Milwaukee, WI-53201</p>
<p class="MsoNormal"></p>
</div>
</body>
</html>