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<!--StartFragment-->
<p class="MsoNormal">Dear Konrad,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Id like to replace a cysteine residue in the peptide chain by the non-standard residue (which is S-nitrosated cysteine). There is a special function in MMTK for this purpose, named ReplaceResidue(). However it modifies only logical structure
 of protein thus leaving positions of new atoms undefined. <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">In mailing list archive, I found a message (<a href="http://starship.python.net/pipermail/mmtk/2005/000920.html">http://starship.python.net/pipermail/mmtk/2005/000920.html</a>) where this problem was overcome. However that scripts seems
 to be not working on the most recent versions of MMTK (I got 2.7.3).<span style="mso-spacerun:yes">&nbsp;
</span>In any case, it was a manual way of solution. <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Is there some way to automatically place atoms of substituting/mutating residue (whose geometry is defined in Database by a Z-Matrix) in correct positions in a protein?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p><br>
</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"></p>
<p class="MsoNormal">Sincerely yours,</p>
<p class="MsoNormal"><br>
</p>
<p class="MsoNormal">Dr Marat R. Talipov</p>
<p class="MsoNormal">Research Scholar</p>
<p class="MsoNormal"><br>
</p>
<p class="MsoNormal">Department of Chemistry</p>
<p class="MsoNormal">Marquette University</p>
<p class="MsoNormal">Wehr Chemistry Building</p>
<p class="MsoNormal">P.O. Box 1881</p>
<p class="MsoNormal">Milwaukee, WI-53201</p>
<p class="MsoNormal"><br>
</p>
<p class="MsoNormal">Phone: &#43;1 414 477 6081</p>
<p></p>
<!--EndFragment-->
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