Dear Users,<br><br>Am trying to solvate a protein molecule, equilibrate it and save the equilibrated coordinates into a PDB format file.<br>I used the example solvation.py script to solvate and equilibrate the molecule.  Solvation and equilibration is working well. Now while converting the <a href="http://equilibration.nc">equilibration.nc</a> trajectory file into  PDB form I used the below example script<br>
<br>from MMTK import *<br>from MMTK.Trajectory import Trajectory<br>from MMTK.PDB import PDBConfiguration, PDBOutputFile <br><br>trajectory = Trajectory(None, &quot;<a href="http://equilibration.nc">equilibration.nc</a>&quot;)<br>
universe = trajectory.universe<br><br>for i, conf in enumerate(trajectory.configuration):<br>    universe.writeToFile(&quot;conf%d.pdb&quot; % i, conf)<br><br>Running this script gives the below error and  the system hangs<br>
<br><span style="color: rgb(204, 0, 0);">*** glibc detected *** python: malloc(): memory corruption: 0x0a47d4f8 ***</span><br><br><font color="#000000">Hope somebody could help<br>Thanks <br><br>Sincerely<br>prabha<br></font><br>
<br><br>