Thank you Dr.Konrad Hinsen. I intend to do a molecular dynamics simulation of a protein including only the crystallographic water molecules. Is it possible to define a periodic boundary condition enclosing only the crystallographic molecules using MMTK.<br>
<br>prabha<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 4, 2010 at 5:05 PM, Konrad Hinsen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:research@khinsen.fastmail.net">research@khinsen.fastmail.net</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im">On 4 Jun 2010, at 03:25, prabhakar g wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
I tried to solvate a protein molecule using the solvation.py, and am getting two output files corresponding to solvation and equilibration. When i try to visualize the file <a href="http://equilibration.nc" target="_blank">equilibration.nc</a> with the VMD, i am getting images of distorted water molecules ( probably the bond lengths in them). I am attaching the image of one of the distorted snapshot and the script for you reference, why does this happen, is there anyway to correct it, hope somebody can help. Thanks<br>

</blockquote>
<br>
<br></div>
VMD analyzes the first configuration of a trajectory to place bonds between atoms, based on distance criteria. It then keeps its list of bonded atom pairs unchanged for the rest of the trajectory. For a system with periodic boundary conditions, that is not a good method. Fortunately, it is sufficient to change the representation style to &quot;dynamic bonds&quot; for getting rid of this problem. The bonds are then recalculated for each frame.<br>

<br>
Konrad.<br>
--<br>
---------------------------------------------------------------------<br><font color="#888888">
Konrad Hinsen<br>
Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>
Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>
Saint Aubin - BP 48<br>
91192 Gif sur Yvette Cedex, France<br>
Tel. +33-1 69 35 97 15<br>
E-Mail: research at  khinsen dot fastmail dot net<br>
---------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
</font></blockquote></div><br>