Dear All, <br> <br>I tried to solvate a protein molecule using the solvation.py, and am getting two output files corresponding to solvation and equilibration. When i try to visualize the file <a href="http://equilibration.nc">equilibration.nc</a> with the VMD, i am getting images of distorted water molecules ( probably the bond lengths in them). I am attaching the image of one of the distorted snapshot and the script for you reference, why does this happen, is there anyway to correct it, hope somebody can help. Thanks<br>
<br>Sincerely<br>prabha<br>