<div class="gmail_quote">Hi,<br><br><div>Thank you Dr.Konrad, my study relates to simulation of the protein hemoglobin and its hydration layer.<br>
</div><br><span style="color: rgb(102, 0, 0);">But perhaps what you want is to take the protein and crystallographic
water from a PDB file, put it into a larger periodic system, and add
lots of solvent. In that case, the example script to look at is
Examples/MolecularDynamics/</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><span style="color: rgb(102, 0, 0);">solvation.py.</span></blockquote>




<div><br>Yes I tried to solvate a molecule of hemoglobin using the solvate plugin (<a href="http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/solvate/" target="_blank">http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/solvate/</a>)  provided with the vmd. In case of  hemoglobin there is an inter subunit pocket in between the four chains of hemoglobin ( stretching approximately to about 10 angstroms).  When i solvate the molecule, this pocket is completely filled with water molecules.<br>

</div><div><br>But when I happen to check with one of the crystal structures (2HHB) of hemoglobin, this pocket of hemoglobin was sparsely populated with water molecules.  Sir my question are: <br><br>1.Does solvating the structure for simulations place more number of
water molecules  around and in the pocket of the protein molecule than
observed in the physiological conditions.<br><br>2.Is it possible to know probability of the  the inter subunit pocket being completely filled with water molecules in physiological conditions, in protein solutions. <br><br>

3. What are the methods could one use to solvate the protein close to the realistic physiological conditions. <br><br>could anyone please give some suggestions.<br><br>Sincerely<br>prabha</div><br></div><br>