<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>Begin forwarded message:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(0, 0, 0, 1);"><b>From: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;"><a href="mailto:mmtk-bounces@starship.python.net">mmtk-bounces@starship.python.net</a><br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(0, 0, 0, 1);"><b>Date: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;">9. April 2010 05:11:35 MESZ<br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(0, 0, 0, 1);"><b>To: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;"><a href="mailto:mmtk-owner@starship.python.net">mmtk-owner@starship.python.net</a><br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(0, 0, 0, 1);"><b>Subject: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;"><b>Auto-discard notification</b><br></span></div><br>The attached message has been automatically discarded.<br><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(127, 127, 127, 1.0);"><b>From: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;">prabhakar g &lt;<a href="mailto:prabha.iisc@googlemail.com">prabha.iisc@googlemail.com</a>&gt;<br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(127, 127, 127, 1.0);"><b>Date: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;">9. April 2010 03:58:14 MESZ<br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(127, 127, 127, 1.0);"><b>To: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;"><a href="mailto:mmtk@starship.python.net">mmtk@starship.python.net</a><br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(127, 127, 127, 1.0);"><b>Subject: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;"><b>Doing MD with crystallographic water molecules</b><br></span></div><br><br>Dear all,<br><br>I am new to MMTK and to MD as well, I want to do MD
simulation of a PDB structure along with its crystallograpic water
molecules.&nbsp; I tried running the scripts in the example folder. it
worked out well for the protein molecules without any crystallograpic
water.&nbsp; Here is what i did<br>
<br>I used the scripts <br>construct.py for adding hydrogens<br>protein.py for&nbsp; doing the equilibration and production<br>restrat.py for running more production steps.<br><br>but when i used the construct.py&nbsp; along with water molecules<br>


<br>#! /usr/bin/python<br>from MMTK import *<br>from MMTK.PDB import PDBConfiguration<br>from MMTK.Proteins import PeptideChain, Protein<br>configuration = PDBConfiguration('6LYZ.pdb')<br>chains = configuration.<div>

createPeptideChains()<br>
insulin = Protein(chains)<br>insulin.writeToFile('bala1.pdb')<br><br>the output file did not contain any water molecules in it. <br>could anyone&nbsp; suggest how to include waters...<br><br>Moreover
I would like to do MD with the crystallographic water molecules using
the periodic boundary conditions. Is this reasonable, hope someone give
suggestions.<br>
<br>Sincerely<br>prabha</div>
<br><br></blockquote></div><br></body></html>