<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><div><br><div>Begin forwarded message:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" color="#000000" style="font: 16.0px Helvetica; color: #000000"><b>From: </b></font><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><a href="mailto:mmtk-bounces@starship.python.net">mmtk-bounces@starship.python.net</a></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" color="#000000" style="font: 16.0px Helvetica; color: #000000"><b>Date: </b></font><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica">10 February 2010 14:26:25 CEST</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" color="#000000" style="font: 16.0px Helvetica; color: #000000"><b>To: </b></font><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><a href="mailto:mmtk-owner@starship.python.net">mmtk-owner@starship.python.net</a></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" color="#000000" style="font: 16.0px Helvetica; color: #000000"><b>Subject: </b></font><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><b>Auto-discard notification</b></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div> </div>The attached message has been automatically discarded.<br><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(0, 0, 0, 0.5);"><b>From: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;"><a href="mailto:acevedo@mpi-muelheim.mpg.de">acevedo@mpi-muelheim.mpg.de</a><br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(0, 0, 0, 0.5);"><b>Date: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;">10 February 2010 13:52:53 CEST<br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(0, 0, 0, 0.5);"><b>To: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;"><a href="mailto:mmtk@starship.python.net">mmtk@starship.python.net</a><br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(0, 0, 0, 0.5);"><b>Subject: </b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;"><b>Distance atoms, trajectory, and current configuration</b><br></span></div><br><br>Hi all:<br> Im really new using this programm, and I have gotten stuck with some<br>issues. Basically, I would like to get some datas from a Desmond<br>trajectory file. I was able to export this trajectory to a DCD format<br>using VMD, and after correction of format using catdcd3.0 I could get the<br>nc version of my trajectory. The time variables of this trajectory showed<br>only 0s, and I do not know if this would be a problem with some MMTK<br>applications later on.<br> &nbsp;&nbsp;The problem appeared when I tried to get distance values between two<br>atoms along the trajectory. The kind of sequences that Ive been using<br>are the following:<br><br>trajectory = Trajectory(None, 'Trajectory.nc')<br>universe = trajectory.universe<br><br>for step in trajectory:<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;d = step['configuration']<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;universe.setConfiguration(d) # to update the current configuration<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;universe.distance(atom1, atom2) # two atoms being part of a covalent<br>bond in the backbone, e.g. Ala4.peptide.N and Lys3.peptide.C<br><br>This instruction gave me the same value for every step, about 0.13 nm,<br>which is the expected value for this covalent bond. It seems that no<br>configuration updating was posible and the value correspond to a unique<br>configuration (the first current configuration probably)<br><br>Then I tried some modification of the same:<br><br>for configuration in trajectory.configuration:<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;universe.distance(atom1, atom2, configuration)<br><br>This gave me different values of distance for every step. The values were<br>about 0.5 nm, quite far from the expected 0.13.<br><br>other forms such as: (atom1.position()-atom2.position()).length() were<br>still giving values of about 0.5 nm.<br><br>I don't know if I've missed something, but I proved the same procedure<br>creating infiniteUniverse and CubicPeriodicUniverse when I imported the<br>DCD trajectory into a nc format.<br><br>If somebody can help me solving the problem, it would be great<br><br>Thanks<br><br>Pablo<br><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" color="#144FAE"><br></font></font></blockquote></div></body></html>