<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear All, <br><br>I have been going through the EMBO MMTK normal modes tutorial and have a question about the calculation of RMSF from the results of normal mode analysis.&nbsp; <br><br>The formula given is: <br><br>F(i) = SUM{j} [ KbT/m(i)omega(j)^2] * |ui(j)|^2<br><br>Where Kb is the Boltzmann constant. <br>Omega(j) is the frequency of normal mode (j) <br>Ui(j) is the displacement of atom i in mode (j) <br>m(i) is the mass of the atom <br><br>1) What are the correct units for omega(j) and ui(j) ? If&nbsp; <br><br>Kb is&nbsp; in J/K (Kg m^2 s^-2 K^-1), <br>m(i) is in Kg <br>omega(j) is in s-1 <br>f(i) is in m^2 <br><br>It seems that ui(j) should be dimensionless to ensure units of m^2 for f(i) ??? What is the correct unit of ui(j), the eigenvector of the mass weighted force constant matrix??&nbsp; <br>&nbsp; &nbsp; <br>In the tutorial it says 'The atomic
 displacements are already scaled by the amplitudes of thermal vibrations " so only a factor of 0.5 is required.&nbsp; How has this been done? <br><br>I am currently trying to compare the RMSF of specific atoms across different modes using a gaussian03 frequency output. I am just trying to understand the MM implementation before tackling the gaussian equivalent.&nbsp; <br><br>Best Regards&nbsp;&nbsp; <br><br>Milla &nbsp; <br><br></td></tr></table><br>