<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear all, <br><br>I am new to MMTK (3/4 hours experience so far!) and to python, so I need some pointers on building a very simple system. <br><br>I am trying to build a&nbsp; universe consisting of&nbsp; an indole ring and a water molecule.&nbsp; I have managed to do this by adding indole to the molecule database and using  universe.addObject(Molecule(indole)) and  universe.addObject(Molecule(water)) to create the required objects.&nbsp; But this just places the water molecule at the preset coordinates in the database file. <br><br>Instead, I would like to control the relative position of the two: placing the water molecule at a specific position relative the N-H group of the indole ring. In the script that I am writing I need to place the water molecule in the same plane as the N-H group as shown below and then move it away from the N-H moeity in 0.1 Ang
 increments by extending/shorting the H...O distance.&nbsp; <br><br>H1 &nbsp; H2<br>&nbsp; \&nbsp;&nbsp;&nbsp; / <br>&nbsp;&nbsp; O<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp; H<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>&nbsp;&nbsp; N&nbsp; <br>&nbsp; <br>Does anyone have any suggestions on how I could achieve this - I have checked out the manual and the EMBO tutorial, but I couldn't progress beyond getting two objects into the universe. I couldn't find anything about how to control/ manipulate the positions of one objects relative to another. <br><br>Any help much appreciated.<br><br>Milla <br><br><br><br><br></td></tr></table><br>