Hi all,<br><br>I am fairly new to MD simulations and had a quick question about an NPT simulation I&#39;m trying to run.  I am currently trying to take a glycan (I&#39;ve successfully made the database entry), solvate it, run EM, equilibrate the system, and then run NPT.  My problem is that during the production run the Nose Energy term increases rapidly and starts to blow up toward infinity (It&#39;s around 100,000 after 1ns and keeps going up from there).  After checking the trajectory, it seems like everything in the system gets &quot;locked&quot; in place and doesn&#39;t actually do anything during the simulation.<br>
<br>In checking the examples for NPT simulations, I&#39;ve noticed that VelocityScaler and BarostatReset are only used during equilibration, and not during the production run.  Should I be calling these during the production run, or is something else going on?  The relevant part of my code is produced below.  Thank you very much!<br>
<br>Ken<br><br>    #Create molecule and atom lists and run EM with all non-H atoms fixed in place<br>    atoms = universe.atomList()<br>    molecules = universe.objectList()<br>    for atom in atoms:<br>        if not atom.name.startswith(&#39;H&#39;):<br>
            atom.fixed = 1<br>    minimizer = SteepestDescentMinimizer(universe, threads = 2, actions = [StandardLogOutput(1000)])<br>    minimizer(steps = 1000)<br><br>    #Release all water molecules and run EM<br>    if solvated:<br>
        for mol in molecules:<br>            if <a href="http://mol.name">mol.name</a> == &#39;water&#39;:<br>                mol.O.fixed = 0<br>    minimizer(steps = 10000)<br><br>    #Release everything and run EM.<br>    for atom in atoms:<br>
        atom.fixed = 0<br>    minimizer(steps = 30000)<br><br>    #Gradually heat the system to 310.<br>    universe.initializeVelocitiesToTemperature(20)<br>    integrator = VelocityVerletIntegrator(universe, threads = 2, actions = [VelocityScaler(temperature, 0.1*temperature,0, None, 100),<br>
                                                                            TranslationRemover(skip = 100),<br>                                                                            Heater(20, temperature, .1),<br>                                                                            StandardLogOutput(1000)])<br>
<br>    #Add the environment objects and equilibrate the system<br>    integrator(steps = 10000)<br>    universe.addObject(barostat)<br>    universe.addObject(thermostat)<br>    integrator = VelocityVerletIntegrator(universe, threads = 2, actions = [VelocityScaler(temperature, 0.1*temperature,0, None, 100),<br>
                                                                            BarostatReset(skip = 100),<br>                                                                            TranslationRemover(skip = 100),<br>                                                                            StandardLogOutput(5000)])<br>
<br>    #Run the simulation and save it to a trajectory file.<br>    integrator(steps = 40000)<br>    trajectory = Trajectory(universe, outputName + &#39;.nc&#39;, &#39;w&#39;)<br>    integrator = VelocityVerletIntegrator(universe,threads = 2, actions = [StandardLogOutput(20000),<br>
                                                               TrajectoryOutput(trajectory, skip = 1000)])<br>    integrator(steps = 40000000)<br>    trajectory.close()<br>