Dear MMTK users,<br>I would like to perform (iteratively) a c-alpha normal mode calculation from an all-atom conformation and then apply the modes to this all-atom conformation.<br>I though of having two universes, one with the Amber force field and another with the C-alpha.<br>
How can I copy the configuration in the amber universe to the c-alpha? I have tried the following:<br><br># Construct all atom system<br>universe = InfiniteUniverse(Amber94ForceField(.8,1.2))<br>universe.protein = Protein(&#39;a.pdb&#39;)<br>
<br># Construct the associated c-alpha system<br>universe_ca = InfiniteUniverse(CalphaForceField())<br>universe_ca.protein = copy(universe.protein)<br><br>But then all atoms are copied to the c-alpha model. (and the normal mode calculation seems to take all atoms because it collapses my computer memory).<br>
Which is the proper way to proceed?<br>Thanks,<br>Ramon<br><br>