Are you referring to the option &quot;Window width for FFT&quot; ?<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 4, 2008 at 12:54 PM, Konrad Hinsen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr">hinsen@cnrs-orleans.fr</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">On Nov 4, 2008, at 16:26, Jose Borreguero wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear nMoldyn developers,<br>
Does nMoldyn have a way to include the experimental energy resolution R(w) into the computed structure factor Scomp(q,w)?<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; S(q,w)=Scomp(q,w) * R(w) &nbsp;(&quot;*&quot; means convolution)<br>
The easiest thing is to multiply the intermediate scattering structure factor, then Fourier transform:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; F(q,t)=Fcomp(q,t) * Fourier[ R(w) ] &nbsp;(&quot;*&quot; means multiplication)<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; S(q,w)=Fourier[ F(q,t) ]<br>
Does nMoldyn include these calculations?<br>
</blockquote>
<br></div>
You can use the Gaussian window width to mimic experimental resolution, though this feature wasn&#39;t meant for that purpose and is not particularly convenient to use: you have to calculate the width in time first and then convert it to a percentage of the trajectory length.<br>

<br>
Konrad.<br>
--<br>
---------------------------------------------------------------------<br>
Konrad Hinsen<br>
Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>
Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>
Saint Aubin - BP 48<br>
91192 Gif sur Yvette Cedex, France<br>
Tel. +33-1 69 35 97 15<br>
E-Mail: <a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr" target="_blank">hinsen@cnrs-orleans.fr</a><br>
Web: <a href="http://dirac.cnrs-orleans.fr/%7Ehinsen/" target="_blank">http://dirac.cnrs-orleans.fr/~hinsen/</a><br>
---------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Jose M. Borreguero<br>Postdoctoral Associate<br>Oak Ridge National Laboratory<br>P.O. Box 2008, M.S. 6164<br>Oak Ridge, TN 37831<br>phone: 865-241-3071 fax: 865-576-5491<br>
Email: <a href="mailto:borreguerojm@ornl.gov">borreguerojm@ornl.gov</a><br>