<div dir="ltr">Dear MMTK users,<br>I have four CYS coordinated to a Fe atom in a PDB file which I want to read. Because of the coordination, all the CYS lack the H_gamma. When I read the pdb file:<br><br><i>universe = InfiniteUniverse()</i><br>
<i>conf = PDBConfiguration(<b>mypdb</b>)<br>universe.addObject(conf.createAll())<br>t = Trajectory(universe, nc_file, &quot;w&quot;, &quot;hello&quot;, block_size = 1)</i><br><br>I see that&nbsp; <i>universe._atoms</i> contains the H_gamma atoms for the CYS. So, my question is: does my &quot;universe&quot; contain four extra ghost atoms (one H_gamma for each of my four CYS) ?<br>
<br>Regards,<br>-Jose<br>
</div>