<div dir="ltr">Konrad,<br><br>Thanks for your response! I&#39;ll give this a try and see how it goes.<br><br>In reference to the Scientific thing, it was as simple as copying the files over and I only mention it in case someone else needs it. RedHat-based systems split the libraries into /usr/lib and /usr/lib64. It&#39;s a bit ridiculous because it even splits the python2.5 install in half! I have found that this can cause a whole suite of problems when compiling things from source instead of installing by rpm. However, since numpy.test() works and all of the tests in Scientific and MMTK worked, I assume the install is fine.<br>
<br>Jay<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 5, 2008 at 10:31 AM, Konrad Hinsen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr">hinsen@cnrs-orleans.fr</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="Ih2E3d">On Sep 4, 2008, at 21:57, Jay Billings wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
There&#39;s a bit of a problem with the output though. I tried opening &quot;<a href="http://rotation.nc" target="_blank">rotation.nc</a>&quot; in nMoldyn and received an error that &quot;This trajectory does not include time information&quot; and &quot;This is most probably not a trajectory file&quot;.<br>

</blockquote>
<br></div>
That trajectory does indeed have no time information. Since it is not the result of any dynamics, this is quite appropriate. nMOLDYN calculates dynamical correlation functions and thus requires time-dependent input data. However, it should better produce only the first error message, not the second one. It is perfectly fine to have trajectories without time stamps of course.<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
universe.time = 0<br>
....<br>
for i in range(20):<br>
 &nbsp; &nbsp; ....<br>
 &nbsp; &nbsp; universe.time = i<br>
</blockquote>
<br></div>
Try this:<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
for i in range(20):<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;...<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;snapshot(data = {&#39;time&#39;: 10.*i})<br>
<br>
An example you can look at for inspiration is the DCD-to-netCDF converter that comes with nMOLDYN. It writes trajectories with time stamps.<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
On a happier note, I can report that MMTK-2.5.23 and nMoldyn-2.2.5 work on x86_64 Fedora 9 with numpy. I couldn&#39;t get ScientificPython to work with Numeric and I had to copy the numpy include files to /usr/include/numpy, but other than that, everything works fine and all tests were successful. :)<br>

</blockquote>
<br></div>
Numeric is known to have problems on 64-bit machines, so your choice of NumPy is the right one. If ScientificPython did not find the NumPy header files, there is probably something wrong with the Python or NumPy installation in that machine. ScientificPython looks for the header files in the directory defined by<br>

<br>
os.path.join(sys.prefix, &quot;lib/python%s.%s/site-packages/numpy/core/include&quot; % sys.version_info [:2])<br>
<br>
This is the recommended strategy for NumPy-dependend modules. It is possible that your NumPy is somewhere else if Fedora modified the directory setup for Python, as some Linux distributions unfortunately do. In that case, there isn&#39;t much that I can do about it.<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
Konrad.<br>
--<br>
---------------------------------------------------------------------<br>
Konrad Hinsen<br>
Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>
Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>
Saint Aubin - BP 48<br>
91192 Gif sur Yvette Cedex, France<br>
Tel. +33-1 69 35 97 15<br>
E-Mail: <a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr" target="_blank">hinsen@cnrs-orleans.fr</a><br></div>
Web: <a href="http://dirac.cnrs-orleans.fr/%7Ehinsen/" target="_blank">http://dirac.cnrs-orleans.fr/~hinsen/</a><br>
---------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>