<div dir="ltr">I found the Snapshot.py example file where you show how to do this. Thanks! <br><br>There&#39;s a bit of a problem with the output though. I tried opening &quot;<a href="http://rotation.nc">rotation.nc</a>&quot; in nMoldyn and received an error that &quot;This trajectory does not include time information&quot; and &quot;This is most probably not a trajectory file&quot;. However, there are twenty rotations of the molecule plus its original state in this file. I tried adding a time variable to the universe with <br>
<br>universe.time = 0<br>....<br>for i in range(20):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ....<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; universe.time = i<br><br>but this did not work either. Does anyone have any insight into this problem?<br><br>On a happier note, I can report that MMTK-2.5.23 and nMoldyn-2.2.5 work on x86_64 Fedora 9 with numpy. I couldn&#39;t get ScientificPython to work with Numeric and I had to copy the numpy include files to /usr/include/numpy, but other than that, everything works fine and all tests were successful. :) <br>
<br>Jay<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 13, 2008 at 1:56 PM, Konrad Hinsen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr">hinsen@cnrs-orleans.fr</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="Ih2E3d">On 12.08.2008, at 20:30, Jay Billings wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Does anyone know the NetCDF convention used for MMTK trajectory files? I have some data that I want to put into MMTK/NMOLDYN, but I need to know the NetCDF convention. Unfortunately, my data is not in one of the supported formats.<br>

</blockquote>
<br></div>
The netCDF convention is something on my to-do list - which never got enough priority to get done, unfortunately.<br>
<br>
By far the easiest way to create MMTK-compatible netCDF files is using MMTK itself. The SnapshotGenerator class lets you write almost anything you like to a trajectory file from a Python script. The converters that come with nMOLDYN use this approach.<br>

<br>
You can also get most of the required information from looking at an MMTK-produced netCDF file using ncdump. There are only two required variables, &quot;description&quot; and &quot;step&quot;, everything else is optional. The format for the system definition contained in &quot;description&quot; may not be obvious at first, but once you know that it is an executable Python expression, it is rather straightforward to analyze. You can also get the description string for any MMTK universe using &quot;universe.description()&quot;.<br>

<br>
Good luck,<br>
 &nbsp;Konrad.<br>
--<br>
---------------------------------------------------------------------<br><font color="#888888">
Konrad Hinsen<br>
Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>
Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>
Saint Aubin - BP 48<br>
91192 Gif sur Yvette Cedex, France<br>
Tel. +33-1 69 35 97 15<br>
E-Mail: <a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr" target="_blank">hinsen@cnrs-orleans.fr</a><br>
---------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
</font></blockquote></div><br></div>