<div dir="ltr">Konrad,<br><br>Thanks very much for your response. I&#39;ll give the SnapshotGenerator a try.<br><br>I&#39;m attempting to write a converter for Materials Studio&#39;s Forcite trajectory files, which are stored in simple XML, to the MMTK-netcdf format. If I get it working, I will make sure to send it to you. <br>
<br>Jay<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 13, 2008 at 1:56 PM, Konrad Hinsen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr">hinsen@cnrs-orleans.fr</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="Ih2E3d">On 12.08.2008, at 20:30, Jay Billings wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Does anyone know the NetCDF convention used for MMTK trajectory files? I have some data that I want to put into MMTK/NMOLDYN, but I need to know the NetCDF convention. Unfortunately, my data is not in one of the supported formats.<br>

</blockquote>
<br></div>
The netCDF convention is something on my to-do list - which never got enough priority to get done, unfortunately.<br>
<br>
By far the easiest way to create MMTK-compatible netCDF files is using MMTK itself. The SnapshotGenerator class lets you write almost anything you like to a trajectory file from a Python script. The converters that come with nMOLDYN use this approach.<br>

<br>
You can also get most of the required information from looking at an MMTK-produced netCDF file using ncdump. There are only two required variables, &quot;description&quot; and &quot;step&quot;, everything else is optional. The format for the system definition contained in &quot;description&quot; may not be obvious at first, but once you know that it is an executable Python expression, it is rather straightforward to analyze. You can also get the description string for any MMTK universe using &quot;universe.description()&quot;.<br>

<br>
Good luck,<br>
 &nbsp;Konrad.<br>
--<br>
---------------------------------------------------------------------<br><font color="#888888">
Konrad Hinsen<br>
Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>
Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>
Saint Aubin - BP 48<br>
91192 Gif sur Yvette Cedex, France<br>
Tel. +33-1 69 35 97 15<br>
E-Mail: <a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr" target="_blank">hinsen@cnrs-orleans.fr</a><br>
---------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
</font></blockquote></div><br></div>