<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=ks_c_5601-1987">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:" ";
        panose-1:2 11 5 3 2 0 0 2 0 4;}
@font-face
        {font-family:"\@ ";
        panose-1:2 11 5 3 2 0 0 2 0 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        text-align:justify;
        text-justify:inter-ideograph;
        text-autospace:none;
        word-break:break-hangul;
        font-size:10.0pt;
        font-family:" ";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph
        {mso-style-priority:34;
        margin-top:0cm;
        margin-right:0cm;
        margin-bottom:0cm;
        margin-left:40.0pt;
        margin-bottom:.0001pt;
        mso-para-margin-top:0cm;
        mso-para-margin-right:0cm;
        mso-para-margin-bottom:0cm;
        mso-para-margin-left:4.0gd;
        mso-para-margin-bottom:.0001pt;
        text-align:justify;
        text-justify:inter-ideograph;
        text-autospace:none;
        word-break:break-hangul;
        font-size:10.0pt;
        font-family:" ";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:" ";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
 /* Page Definitions */
 @page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:3.0cm 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
 /* List Definitions */
 @list l0
        {mso-list-id:1411930136;
        mso-list-type:hybrid;
        mso-list-template-ids:1050438566 -408907786 67698713 67698715 67698703 67698713 67698715 67698703 67698713 67698715;}
@list l0:level1
        {mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        margin-left:38.0pt;
        text-indent:-18.0pt;}
ol
        {margin-bottom:0cm;}
ul
        {margin-bottom:0cm;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=KO link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Im a new user of MMTK to try develop some
humble code. <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>What I want to make is a simple code for
minimization of a ligand in the active site of a receptor protein <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>The first problem that I face is about
reading a ligand file.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>At first, I referred to an example code
about construction of a DNA strand with a ligand in MMTK home page.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Referring that code, I was able to load a
receptor structure and a ligand structure into universe object from PDB file. <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>But in this case, a ligand was written in
.pdb file. And after reading a ligand and a receptor, I tried to minimize this
universe containing a receptor and a ligand. In this step, sometimes AttributeError
was occurred.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>AttributeError: AtomType instance has no
attribute amber_atom_type<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>&nbsp;<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>How do I get molecular contents from .mol
or .sd files using MMTK?<o:p></o:p></span></p>

</div>

</body>

</html>