<html>

<head>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">


<meta name=Generator content="Microsoft Word 10 (filtered)">

<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:Verdana;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {font-family:Arial;
        color:windowtext;}
span.sepagetitle1
        {font-family:Verdana;
        color:#666699;
        font-weight:bold;
        font-style:normal;}
@page Section1
        {size:595.3pt 841.9pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=EN-GB link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Hi,</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>I have some question about the normal modes analysis</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'>1) Is it suitable to use </span></font><font
color=black><span style='color:black'>calpha mode to approximate this protein (pdb
file- 1LN6, Metarhodopsin)? Compared with the standard calculation , what will
be lost by using approximation method?</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'>&nbsp;&nbsp; If I use standard calculation
based on MMTK, what is minimum requirements for the computer and how long will
the calculation take ( say it the number of atoms is 5000)?</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>2) How to calculate the absorption spectra based on the </span></font><font
 size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>Normal</span></font><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'> modes
analysis using MMTK? For example, I ran the examples in the manual- deformation_modes.py,
I can get the frequency for each mode, how to get the normalised intensity absorption
spectrum based on these information? </span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Regards,</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Mark</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&nbsp;</span></font></p>

</div>

</body>

</html>