Thanks,<br>I wanted to get more intermediate steps for a better resolution, but now I see that I only have to generate the list &#39;frames&#39; with more intermediate elements between conf and conf+factor*mode.<br>Ramon<br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">2007/11/12, Konrad Hinsen &lt;<a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr">hinsen@cnrs-orleans.fr</a>&gt;:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
On 12.11.2007, at 14:37, Ramon Crehuet wrote:<br><br>&gt; NormalModes.mode.view is a practical way of visualizing normal<br>&gt; modes. But I would like MMTK to use more frames when generating the<br>&gt; normal mode trajectory that is sent to the visualization software.
<br>&gt; Is that possible in a simple way?<br><br>What do you want to change exactly? Do you want to repeat the frames<br>to view several periods, or add intermediate steps for better spatial<br>resolution?<br><br>Anyway, the solution is very similar in both cases. The view() method
<br>ends up calling the function Visualization.viewMode(). Changing this<br>function lets you specify whatever you want. An example (untested!):<br><br>import MMTK.Visualization<br><br>def myViewMode(mode, factor=1., subset=None, label=None):
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; universe = mode.universe<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; if subset is None:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; subset = universe<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf = universe.configuration()<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; frames = 2*[conf, conf+factor*mode, conf, conf-factor*mode]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MMTK.Visualization.viewSequence
(subset, frames, 1, label)<br><br>MMTK.Visualization.viewMode = myViewMode<br><br><br>This particular patch will show two periods of the mode. It should be<br>straightforward to adapt it to what you want.<br><br>Konrad.<br>
--<br>---------------------------------------------------------------------<br>Konrad Hinsen<br>Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS Orléans<br>Synchrotron Soleil - Division Expériences<br>Saint Aubin - BP 48<br>91192 Gif sur Yvette Cedex, France
<br>Tel. +33-1 69 35 97 15<br>E-Mail: <a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr">hinsen@cnrs-orleans.fr</a><br>---------------------------------------------------------------------<br><br><br><br></blockquote></div><br>