I&#39;ll try to be more precise:<br>Executing this script I get the displacements of two arbitrary atoms (150 and 100) for the same normal mode. <br><br>uni.setConfiguration(origin)<br>p0=uni.protein[1][150].position()<br>
uni.setConfiguration(origin+mode)<br>p1m=uni.protein[1][150].position()<br>uni.setConfiguration(origin+field.particleValues())<br>p1f=uni.protein[1][150].position()<br>map(lambda x,y: x/y,p1f-p0, p1m-p0)<br>uni.setConfiguration
(origin)<br>p0=uni.protein[1][100].position()<br>uni.setConfiguration(origin+mode)<br>p1m=uni.protein[1][100].position()<br>uni.setConfiguration(origin+field.particleValues())<br>p1f=uni.protein[1][100].position()<br>map(lambda x,y: x/y,p1f-p0, p1m-p0)
<br><br>The output of this script is:<br>[0.30839457344851323, 0.30839457344831123, 0.30839457344907556]<br>[0.4687606011104602, 0.46876060111040707, 0.46876060111033602]<br>So for both atoms the displacements have the same direction (ok) but different scaling. But the scaling depends on the atom, so I don&#39;t know how to recover the displacements obtained by origin+mode. (which probably means I am mixing some concepts...)
<br>Thanks in advance,<br>Ramon<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">2007/5/5, Ramon Crehuet &lt;<a href="mailto:rcrehuet@gmail.com">rcrehuet@gmail.com</a>&gt;:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br><br><div><span class="gmail_quote">2007/5/5, Konrad Hinsen &lt;<a href="mailto:hinsen@cnrs-orleans.fr" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">hinsen@cnrs-orleans.fr</a>&gt;:</span><span class="q">
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
On 04.05.2007, at 18:43, Ramon Crehuet wrote:<br><br>&gt; Before trying that I experimented a little with AtomicVectorField<br>&gt; and the Calpha model for which I have calculated the modes. I<br>&gt; expected these two setConfiguration to correspond do the same but
<br>&gt; they don&#39;t:<br>&gt;<br>&gt; origin = uni.copyConfiguration()<br>&gt; field = AtomicVectorField(uni, 0.1, mode)<br>&gt; uni.setConfiguration(origin+field.particleValues()*delta/<br>&gt; mode.frequency)<br>&gt; 
uni.setConfiguration(origin+mode*i*delta/mode.frequency)<br><br>A VectorField is defined on a regular grid. When the VectorField<br>object is created, its values at the grid points are calculated as a<br>weighted combination of the atomic vectors. When a value is requested
<br>at another point, it is calculated through linear interpolation. In<br>general this does not yield exactly the same values at the positions<br>of the atoms.</blockquote></span><div><br>Surely I understand this, but both operations give results quite different (the VMD images are quite different). Maybe the scale of mode and field is different? 
<br><br>&nbsp;</div><span class="q"><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">&gt; So how can I get the same desplacements that originate from the
<br>&gt; mode using the AtomicVectorField? (then I&#39;ll be able to apply it to
<br>&gt; the all atom model)<br><br>I don&#39;t see any way to obtain exactly the same values and still get<br>reasonable values at other points. If you need to retrieve the exact<br>values for each input atom, then you should use an interpolation
<br>algorithm that is not grid based. You could for example assign to<br>each atom the average value of its three nearest C-alpha neighbours,<br>weighted by the distance from each C-alpha. This can be implemented<br>efficiently by using the nonbonded list object from the force field
<br>module, with a cutoff of about 5 Ang. This is a bit tricky to use;<br>see Tests/energy_tests.py for an example.</blockquote></span><div><br>I don&#39;t need an exact result, I was just comparing the results for my understanding of the operations. Anyway, reducing the grid space should make the field value tend to the mode value, isn&#39;t it?
<br><br>Cheers,<br>Ramon<br><br></div><br></div><br>
</blockquote></div><br>